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溫卓謀暗示，研究計畫的更改是為了回應經濟部的要求，不過劉炯錫反彈強烈，強調他能說服審查委員讓計畫繼續，因而校方也決議收回更改的研究計畫，由舊計畫送交審查。

他強調，劉金源校長是麻省理工學院海洋工程科學博士，傳授控校長台是水下工程專家，目前深層海水的瓶頸是取不到海水，做再多發展研究都沒用，因而校長正在經濟部的不斷邀約下，同意擔任此中一項子計畫，關於水下工程研究的團隊總掌管人。

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台東台東大學掀起象牙塔風暴，生命科學系傳授劉炯錫發表公開信給全校教師，校長劉金源強奪他的「深層海水產業關鍵技術學界科專三年計畫」，意圖將掌管人改為他本人。不過校方強調，是依經濟部建議將校長列為團隊成員，劉傳授反彈強烈已將新計畫撤銷。

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東大從任秘書溫卓謀回應暗示，深層海水研究計畫是3年近3000萬的大型計畫，每年都要審查執行結果，經濟部檢視第1年的功效後，結論中「建請台東大學進行檢視選定具行政辦理職務人員擔任本計畫掌管人」，由於劉炯錫本年院長任期屆滿卸任，又請長假1年，因而才會將研發長列為計畫掌管人，劉炯錫為配合計畫掌管人，以利計畫進行。

劉炯錫暗示，他正在台大博士論文是研究海洋動物生態，97年接任理工學院院長，經濟部選定知出做為深層海水模廠址，他勤奮爭取經濟部相關計畫，透過產官學結合發展深層海水產業，這次研究計畫要遭到撤換，劉金源校長應為濫用行政權的行為下台負責。

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